Auch der viel genutzte Schifffahrtskanal ist ein Lebensraum für Libellen. Obwohl es sich eigentlich um ein Stillgewässer handelt, wird durch Schleusenöffnungen und fahrende Schiffe eine Strömung simuliert. Im Dortmunder Norden ist das Wasser sehr klar und es gibt weitläufige Laichkrautbestände.
Neben der Königslibelle und dem Großen Blaupfeil kann man an den Spundwänden die Exuvien der Gemeinen und der Westlichen Keiljungfer finden. Im Bereich Achenbachhafen gibt es eine große Population der Pokaljungfer. Der Nachweis der Asiatischen Keiljungfer steht im Dortmund-Ems-Kanal noch aus.